Beim Morbus Crohn (Morbus = Krankheit, Crohn nach Burrill B. Crohn, er veröffentlichte die erste wissenschaftliche Beschreibung dieses Krankheitsbildes) handelt es sich um eine chronische (d.h. in der Regel lebensbegleitende), aber schubweise verlaufende Erkrankung. Die geschwürige Entzündung kann im Unterschied zur Colitis ulcerosa den gesamten Verdauungstrakt – von der Mundhöhle bis zum After – betreffen. Am häufigsten tritt der Morbus Crohn im Bereich des „terminalen Ileums“, also des Übergangs vom Dünndarm in den Dickdarm auf.
Zwei weitere Unterschiede zur Colitis ulcerosa sind typisch für den Morbus Crohn: Die Erkrankung breitet sich nicht kontinuierlich aus, sondern sie kann mehrere, nicht zusammenhängende Stellen des Verdauungstraktes befallen. Und außerdem erfasst sie nicht nur die oberste Schleimhautschicht, sondern sie kann alle Schichten der Darmwand betreffen.

Typische Beschwerden und Symptome sind vor allem Durchfälle, Bauchschmerzen, Fieber, Gewichtsverlust und Stenosen (Darmverengungen) und Fisteln (entzündliche Gangbildungen), zumeist im Bereich des Afters. Außerdem kann es zu Krankheitsfolgen außerhalb des Darms kommen: z.B. zu Entzündungen der Augen, der Haut oder der Gelenke. Diese nennt man auch „extraintestinalen Manifestationen“ oder Begleiterkrankungen.

Die Krankheit verläuft nicht nur in Schüben, denen symptomfreie Phasen (Remission) folgen, auch die Stärke der Krankheitsaktivität ist höchst unterschiedlich. Bei vielen Betroffenen wechseln sich Schübe mit langen Remissionsphasen ab, bei anderen tritt die Erkrankung leider heftiger und mit häufigeren Entzündungsschüben und Stenosen oder Fisteln auf.