Wenn der Arzt oder die Ärztin den Verdacht hat, dass Sie Colitis ulcerosa (oder eine andere chronisch entzündliche Darmerkrankung, zum Beispiel den Morbus Crohn) haben könnten, wird er Sie zunächst ausführlich über Ihre Beschwerden, über Vorerkrankungen und Allergien befragen und eine gründliche Untersuchung des gesamten Körpers vornehmen - dazu gehört ein Abtasten des Bauches auf Druckschmerz, die Betrachtung der Farbe von Haut und Schleimhäuten und die Untersuchung des Enddarms mit dem Finger. Um eine Erkrankung durch Bakterien auszuschließen, sind im Rahmen der Erstdiagnostik und bei Verschlechterung der Krankheitsaktivität Untersuchungen des Stuhls notwendig.

Wenn sich danach der Verdacht auf eine chronisch entzündliche Darmerkrankung verstärkt, werden Blutuntersuchungen durchgeführt, die zwar keine Colitis ulcerosa feststellen, aber Hinweise auf Blutarmut, Vitamin- und Mineralstoffmangel und Anzeichen einer erhöhten Entzündungsaktivität im Körper geben können. Mit einer Ultraschalluntersuchung kann versucht werden, den Ort der Entzündung im Dünn- oder Dickdarm zu erkennen.

Die wichtigste Untersuchungsmethode zur Diagnose eines Colitis ulcerosa ist jedoch die Betrachtung des gesamten Dickdarms (und möglichst auch vom letzten Teil des Dünndarms) mit einem Glasfiberinstrument, dem Endoskop, das nach einer gründlichen Darmreinigung durch den After in den Darm eingeführt wird. Durch diese endoskopische Untersuchung des Dickdarms, auch Koloskopie oder Dickdarmspiegelung genannt, werden zugleich Gewebeproben aus dem Darm entnommen, die dann meist Klarheit darüber schaffen, ob ein Colitis ulcerosa vorliegt. Durch eine strahlungsfreie bildgebende Untersuchung, die Magnetresonanztomographie (MRT), kann ein möglicher Befall des Dünndarms erkannt werden. So läßt sich die Verlässlichkeit einer Unterscheidung der auf den Dickdarm beschränkten Colitis ulcerosa von einem Morbus Crohn erhöhen, der auch im Dünndarm Entzündungen hervorrufen kann.