Unter dem Oberbegriff "mikroskopische Kolitis" (Plural: Kolitiden) werden alle jene entzündliche Krankheitsbilder des Dickdarms zusammengefasst, die bei unauffälligem endoskopischem Befund gleichzeitig eindeutige histomorphologische Merkmale aufweisen.
Einfacher ausgedrückt heißt dies, man sieht keine entzündlichen Veränderungen bei der Darmspiegelung, aber es zeigen sich typische Veränderungen bei der Untersuchung der Gewebeproben unter dem Mikroskop.

Dort sieht man entweder

• in der Darmschleimhaut eine auffällige Ansammlung von Lymphozyten, das sind weiße Blutkörperchen, die zu dem Darmimmunsystem gehören (lymphozytäre Kolitis) oder
• man sieht eine verdickte Kollagenschicht unter den Epithelzellen (kollagene Kolitis).

Beide Formen der mikroskopischen Kolitis gehen mit Diarrhö (wässrige Durchfälle) einher.

Die Ursache dieser Erkrankungen ist unbekannt. Möglicherweise spielen Medikamenteneinnahmen eine Rolle (besonders nichtsteroidale Antiphlogistika, die bei Rheumaerkrankungen eingesetzt werden).
Durchfallerkrankungen, die durch eine kollagene Kolitis verursacht sind, wurden erstmals 1976 beschrieben, die lymphozytäre Kolitis ist seit 1980 bekannt.